- Sengketa aset antara daerah induk dan daerah pemekaran,
- Perebutan sumber daya alam antar daerah induk dan daerah pemekaran,
- Sengketa pembagian dana perimbangan antara daerah induk dan daerah pemekaran,
- Lambannya proses-proses konsolidasi yang berlangsung didaerah pemekaran, sebab dalam masa transisi, daerah pemekaran kurang mendapatkan dukungan SDM dan infrastruktur dari daerah induk.
- Permasalahan yang timbul akibat tidak tuntasnya prosesproses yang terjadi pada periode pra-pemekaran
Potensi sumber daya dan asset yang ada didaerah berpotensi menjadi rebutan anatara daerah induk dan daerah pemekaran. Perebutan terhadap penguasaan sumber daya dan asset daerah seringkali berpotensi konflik yang berbuntut pada tidak meksimalnya pengelolaan dan penggunaan sumber daya dan asset tersebut.
Diatur dalam Pasal 9 ayat (1) Keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor 42 Tahun 2001 dilaksanakan selambat-lambatnya 1 (satu) tahun terhitung sejak tanggal peresmian Provinsi/Kabupaten/Kota yang baru dibentuk (Keputusan Menteri Dalam Negeri No. 42 tahun 2001). Penentuan jangka waktu tersebut dinilai terlalu cepat mengingat kondisi geografis, suasana politik daerah dan adat istiadat ditiap daerah tidak sama. Seharusnya dalam menentukan jangka waktu penyerahan asset ditentukan dalam beberapa tahapan yakni jangka pendek, jangka menengah dan jangka panjang dengan pembatasan selama 5 (tahun).
Maka poin ketujuh yaitu kedua aspek potensi keuntungan maupun kerugian harus dipertimbangan secara matang dan mengantisipasi masalah yang akan timbul yaitu penyiapan infrastruktur pemda, pengembangan sdm, anggaran dan konflik aset antar wilayah.
Daerah Otonomi Baru Dan Dampaknya Terhadap Keuangan Negara Maulana, 2020
Hasil kajian menunjukkan bahwa sejak era reformasi, pembentukan daerah otonomi baru sangat masif terjadi. Jika dihitung rata-rata dari 1999-2014, setiap tahun DOB provinsi dan kabupaten/kota bertambah sebanyak 13 DOB per tahun. Pembentukan DOB membutuhkan persiapan dan biaya yang cukup besar, mulai dari pembentukan awal hingga penyelenggaraannya. Selain itu, secara umum DOB menunjukkan dependensi fiskal yang lebih tinggi dibandingkan daerah lama.
Dengan demikian, dapat dinyatakan bahwa pembentukan DOB tersebut telah menimbulkan tekanan terhadap keuangan negara (APBN) akibat besarnya jumlah dana yang harus ditransfer kepada daerah-daerah baru. Hasil kajian menunjukkan bahwa pendapatan asli daerah (PAD) meningkat, tapi ketergantungan terhadap Dana Alokasi Umum (DAU) masih tetap tinggi.