Pemerintah Indonesia juga terlibat dalam kontroversi seputar Panji Gumilang dan Pondok Pesantren Al Zaytun. Beberapa kali dilakukan pengawasan dan penelitian terhadap aktivitas di pondok pesantren tersebut. Meskipun ada beberapa tindakan penertiban yang dilakukan, namun Pondok Pesantren Al Zaytun masih beroperasi hingga saat ini.
Secara keseluruhan, pemahaman dan kontroversi seputar Panji Gumilang dan Pondok Pesantren Al Zaytun masih terus berlangsung. Terdapat pendapat yang beragam mengenai sosok ini, dari yang mengagumi inovasinya dalam pendidikan hingga yang mengkritik klaim-klaimnya yang dianggap menyimpang dari ajaran agama Islam. Hal ini menunjukkan bahwa pemahaman terhadap sosok Panji Gumilang masih menjadi perdebatan yang kompleks dan kontroversial di masyarakat Indonesia.