Kontroversi seputar perlindungan yang diberikan oleh Moeldoko kepada Al Zaytun ini terus menjadi sorotan publik. Banyak yang mempertanyakan motif di balik tindakan tersebut. Beberapa pihak beranggapan bahwa perlindungan yang diberikan oleh seorang pejabat tinggi negara kepada sebuah pondok pesantren dapat mencerminkan adanya keterlibatan politik atau kepentingan tertentu di baliknya. Namun, tanpa adanya bukti yang jelas, pernyataan ini hanya bersifat spekulatif.